Y Bwrdd Rheoli yw’r corff sy’n gwneud penderfyniadau ar gyfer rhaglen Uwchgyfrifiadura Cymru gyda goruchwyliaeth o’i holl swyddogaethau. Cadeirir y Bwrdd gan Gyfarwyddwr Academaidd Uwchgyfrifiadura Cymru, yr Athro Roger Whitaker.
Mae aelodau’r Bwrdd yn cynnwys yr arweinydd academaidd ac uwch gynrychiolydd o bob un o’r prifysgolion consortiwm, y Rheolwr Rhaglen a’r Cyfarwyddwr Technegol.