Skip to main content
Loading...

Harneisio grym uwchgyfrifiadura i fapio genomau planhigion

Scroll down

Astudiaeth achos

Harneisio grym uwchgyfrifiadura i fapio genomau planhigion

Mae genom planhigyn yr un mor gymhleth â genom person, ac mae ei ddadansoddi yn gofyn am lefelau enfawr o bŵer cyfrifiadurol, meddai Dr Yuan Fu, sef cynorthwyydd ymchwil ôl-ddoethurol ym maes biowybodeg planhigion ym Mhrifysgol Aberystwyth.

Mae Fu yn rhan o dîm prosiect Glaswelltiroedd a Chnydau ar gyfer Amgylcheddau Heriol y Rhaglen Strategol Graidd, a ariennir gan y Cyngor Ymchwil Biotechnoleg a Gwyddor Fiolegol, gan astudio genom porthiant, amwynder a phorfeydd bio-ynni pwysig, gan gynnwys rhygwellt lluosflwydd (Lolium perenne). Trwy gyllid gan y Gronfa Ymchwil Heriau Byd Eang, mae Fu a’i chydweithwyr wedi bod yn defnyddio’u harbenigedd ym maes genomeg rhygwellt i wella’r ddealltwriaeth o’r amrediad enfawr o adnoddau genynnol sydd ar gael ar gyfer y rhywogaeth hon.

“Rydym wedi dilyniannu 200 o genomau rhygwellt, wedi’u samplu o 10 poblogaeth ar wahân wedi’u dosbarthu ar draws de a dwyrain Ewrop, a thrwy ddadansoddi’r set ddata hon, rydym am lunio darlun o strwythur y boblogaeth i ddarganfod y perthnasoedd genynnol rhyngddynt, yn mynd yn ôl dros lawer o flynyddoedd. Mae gwir angen llawer o le storio arnom dim ond i’n dilyniannau, cyn i ni hyd yn oed ddechrau dadansoddi ein data, ac yn wir, dyna’r peth cyntaf gynigiodd Uwchgyfrifiadura Cymru i ni,” meddai Fu.

Mae’r dadansoddiadau data y mae eu hangen i ddod o hyd i berthnasoedd rhwng y planhigion yn gymhleth ac yn cymryd amser, meddai.

“Mae gennych yr holl ddata hyn ac mae angen i chi eu glanhau, ac yna rydym yn dechrau galw’r ‘SNPs’, y polymorffeddau niwcleotid unigol.

“Rydym yn defnyddio algorithmau dysgu peirianyddol i ragfynegi strwythur genom y rhygwellt i ddechrau, ac mae hynny’n galw am lawer o ragfynegiadau ac ailgyfrifo gylch wrth gylch, ac yna defnyddiwn fodelau Bayesian i wirio p’un a ydym ni wedi darganfod SNP real neu ddim ond hap wall dilyniannu –a yw’n ystyrlon ai peidio?” meddai Fu.

“Wrth lwc, trwy Uwchgyfrifiadura Cymru, gallwn wneud cais am greiddiau lluosog, dyweder 120 o greiddiau a gweithio 120 gwaith yn gynt,” dywed. “Rydym ni’n eu taflu i Uwchgyfrifiadur Cymru ac maent yn rhedeg i chi.”

Mae tîm cymorth Uwchgyfrifiadura Cymru wastad wedi bod yn barod i helpu o ran gosod a rhedeg meddalwedd y prosiect ar y system, a darparu lle storio ac amser cyfrifiannu yn gyflym.

“Mae’n rhaid i chi ofyn ymlaen llaw am le storio ac amser, ond maen nhw’n gyflym. Mae ganddynt system docynnau i wneud cais am yr hyn sydd ei angen arnoch, neu i holi ynghylch problem, ac mae cyfarfod bob wythnos hefyd gyda defnyddwyr eraill lle y gallwn drafod problemau a helpu ein gilydd,” meddai Fu.

A hithau wedi gweithio gyda chyfleusterau HPC eraill yn rhyngwladol, mae Fu yn falch gyda pha mor dda mae Uwchgyfrifiadur Cymru yn gweithredu.

“Mae wedi’i drefnu mewn ffordd dda ac effeithlon iawn. Dyma’r un gorau i mi!”

Cysylltwch â ni

Uwchgyfrifiadura Cymru
Sefydliad Ymchwil Arloesedd Data
Prifysgol Caerdydd
Adeilad Trevithick
The Parade
Caerdydd
CF24 3AA
Cymru

ymholiadau@uwchgyfrifiadura.cymru